ใน ค.ศ. 2006 ได้มีการเพิ่มคำว่าโตเกียวเข้าไปในชื่อทีม ส่งผลให้ทีมมีชื่อว่าโตเกียวยาคูลท์สวอลโลวส์ และตราสัญลักษณ์ของกรุงโตเกียวได้เพิ่มลงบนชุดกีฬาเป็นครั้งแรกนับตั้งแต่สมัยโคะคุเทะสึ ทีมนี้มีอัตราชนะร้อยละ .500 และจบลงด้วยการได้อันดับ 3 ในลีก

ค.ศ. 2011 จัดเป็นปีที่น่าประทับใจสำหรับทีมสวอลโลวส์ โดยในเดือนเมษายน ทีมสวอลโลวส์ได้ก้าวขึ้นสู่จุดสูงสุดของเซ็นทรัลลีกและสามารถครองการเป็นอันดับ 1 ไปจนถึงเดือนกันยายนเมื่อทีมชุนอิจิดรากอนส์ได้ก้าวเข้าสู่การชิงชัยในช่วงท้าย ส่งผลให้ทีมสวอลโลวส์ได้อันดับ 2 ของเซ็นทรัลลีกในท้ายที่สุด

ทีมสวอลโลวส์เข้าแข่งขันไคลแมกซ์ซีรีส์ใน ค.ศ. 2009 และได้พบกับทีมโยะมิอุริไจแอนส์ในสนามแรก โดยเป็นฝ่ายชนะที่ 2-1 เกม ทีมสวอลโลวส์ได้เลื่อนขึ้นสู่สนาม 2 เป็นครั้งแรกและได้ทำการชิงแชมป์เซ็นทรัลลีกกับทีมชุนอิจิดรากอนส์ โดยทีมสวอลโลวส์เป็นฝ่ายแพ้ทีมดรากอนส์ที่ 2-4 เกม และเป็นการจบฤดูกาลหลัง โดยในตอนท้ายของฤดูกาล ฮิโระโทะชิ อิชิอิ ได้อำลาออกจากทีม

ค.ศ. 2012 โนะริชิกะ อะโอะกิ ได้รับการถ่ายไปยังทีมมิลวอกีบริวเวอร์ และเมื่อวันที่ 19 มีนาคม ค.ศ. 2012 สำนักงานใหญ่ได้ย้ายไปยังคิตะ-อะโอะยะมะ[ต้องการอ้างอิง]ซึ่งตั้งอยู่ใกล้กับเมจิชินงูสเตเดียมนับจากฮิงะชิ-ชินบะชิ[2]